Forman parte importante dentro de la organización interna del Colegio, sirviendo de apoyo, efectuando estudios, propuestas y conclusiones sobre los asuntos de su competencia, y al mismo tiempo como órgano consultivo, a la Junta de Gobierno en las distintas actuaciones de interés profesional que se lleven a cabo.
A tal efecto, existen cinco comisiones colegiales: Comisión Deontológica, Comisión Clínica de Grandes Animales, Comisión Clínica de Animales de Compañía, Comisión Taurina y Comisión de Seguridad y Calidad Alimentaria.
