Forman parte importante dentro de la organización interna del Colegio, sirviendo de apoyo, efectuando estudios, propuestas y conclusiones sobre los asuntos de su competencia, y al mismo tiempo como órgano consultivo, a la Junta de Gobierno en las distintas actuaciones de interés profesional que se lleven a cabo.
A tal efecto, existen siete comisiones colegiales: Comisión Deontológica, Comisión Taurina, Comisión Clínica de Pequeños Animales y Protección Animal, Comisión Clínica de Grandes Animales y Protección Animal, Comisión de Seguridad Alimentaria, Comisión de Medicamento Veterinario y Comisión de Nuevos Colegiados.